| Morfeusz, Neo, Trynity | Trójca Święta | Trzy ciała Buddy - dharmakaja, sambhogakaja, nirmanakaja. | Trimurti – w hinduizmie wyobrażenie trzech aspektów boga w formach Brahmy, Wisznu i Śiwy. |
| Morfeusz ogłasza przyjście Wybrańca | Jan Chrzciciel ogłasza przyjście Chrystusa | | w mitologii greckiej bóg marzeń sennych |
| Morfeusz jako dowódca i opiekun załogi statku | Bóg Ojciec | buddyjski nauczyciel - Mistrz Zen | Brahma - najwyższy bóg w trójcy hinduistycznej |
| Neo | Jezus Chrystus i gnostycki Wyzwoliciel, Syn Człowieczy | Budda | Wisznu - najpopularniejszy z bogów w trójcy hinduistycznej, odpowiednik chrześcijańskiego Chrystusa |
| Trynity | Duch Święty/pneuma, pierwiastek żeński w Trójcy Świętej | Dakini - personifikacja żeńskiego aspektu oświecenia | Śiwa - jeden z bogów trójcy hinduistycznej, pierwiastek żeński w postaci Śakti - odpowiednik chrześcijańskiego Ducha Św. |
| Wyrocznia | starotestamentowy prorok | Bodhisattwa wskazujący drogę | Wyrocznia Delficka - "Poznaj siebie" |
| Architekt | gnostycki Demiurg | | |
| Cypher | Judasz | | |
| Niobe | | | w mitologii greckiej królowa Teb, która rzuciła wyzwanie bogom |
| Persefona | | | w mitologii greckiej córka Zeusa, którą porwał i poślubił Hades - bóg świata podziemnego |
| Serafin | istota biblijna - w klasyfikacji aniołów będąca na pierwszym miejscu | | |
| Rama-Kandra | | | w mitologii hinduistycznej inkarnacja boga Wisznu |
| Sati | | | w mitologii hinduistycznej jedna z form Dewi |
| Kali - kapitan statku Brahma | | | hinduska boginii śmierci |
| niewolnicy sztucznej inteligencji | niewolnicy Demiurga i Archontów | istoty uwięzione w samsarze z powodu niewiedzy | ludzie przykusi do skały w jaskini platońskiej |
| ludzie ślepi na Rzeczywistość | ludzie nie dostrzegający swej prawdziwej natury | świat Maji jako iluzja | cienie w jaskini platońskiej jako fałszywy obraz Rzeczywistości |
| śmierć Neo pod koniec trylogii | śmierć Jezusa na krzyżu i zmartwychwstanie - wyzwolenie gnostyka z materii | Oświecienie - Nirwana | Oświecenie |
| Zion - ostatnie miasto ludzkości | Syjon - Ziemia Obiecana, biblijne miasto Boga | | |
| statek Nabuchodonozor | Nabuchodonozor - władca babiloński znany z Biblii | | |
| statek Logos | Słowo - Syn Boży | | Logos - Słowo |
| statek Ozyrys | | | Ozyrys to egipski bóg śmierci i odrodzonego życia |
| statek Brahma | | | najwyższy bóg w trójcy hinduistycznej |